En el mundo de los muertos rigen los Shinigamis, estos mantienen el orden con la ayuda de sus Death Scythes, estas armas son creadas al comerse 99 almas de humanos malvados y 1 alma de bruja, pero no pueden hacerlo solas por eso cada una cuenta con su Tecnico; todo esto bajo la supervision del instituto Shibusen. Asi la historia se centra en tres equipos del Shibusen, Maka Albarn y su guadaña Soul Eater, Black Star y su espada Tsubaki, y Death The Kid y sus pistolas dobles las hermanas Thompson. Estos chicos se ven envueltos en diversion, adversidades y constante peligro, ademas de que su valor y fuerza se pondran a prueba un sin fin de veces.